Скит располагается на другой стороне Важеозера в 5 км от обители, в нем была построена церковь во имя святителя Митрофана, епископа Воронежского. Скит устроен в 1904 г. бывшим в то время настоятелем Спасо-Преображенского Геннадиево-Никифоровского монастыря игуменом Митрофаном (1889-1911 гг.) на месте, почитаемом местными жителями как святом. Там с незапамятных времен стояла деревянная часовня. К несчастью, летом 1914 года скитская церковь вместе с жилым домом сгорела.
На зимний день памяти свт. Митрофана Воронежского, в декабре 1995 г., насельники Важеозерского монастыря во главе с игуменом Иларионом (Кильгановым) установили на месте старинного скита поклонный крест, а затем ежегодно стали проводить крестные ходы.
В 1999 г. Свято-Митрофаниева мужская пустынь начала восстанавливаться. Возглавлял строительство настоятель скита иеромонах Паисий (Ковалев).
Т.В. Сорокина в газете «Сретение» за 15 августа 2007 года пишет, что «москвич раб Божий Владимир пожертвовал необходимые суммы на строительство скитского храма, келий и приобретение церковной утвари, икон, книг. Одновременно с большим скитстким храмом, где под одной крышей находятся церковь, трапезная, келии наместника и монашествующих, строилась Успенская часть обители. В ней была поставлена часовня во имя Успения Пресвятой Богородицы, которую потом перестроили в небольшую церковь. Затем были построены отдельные келии для братии. Эта часть скита обнесена высоким забором, доступ на ее территорию для мирян закрыт. Уединенный скит стал маленьким Афоном.
Его насельники живут по афонскому уставу. Особое молитвенное время – ночь, когда каждый монах молится у себя в келии, а под утро все собираются в Успенской церкви на общую молитву, где совершается Божественная литургия.
По благословению Владыки Мануила, архиепископа Петрозаводского и Карельского, иеромонах Паисий привез из Воронежа частичку святых мощей свт. Митрофана Воронежского. Список с древней иконы XVI-XVII вв. Успения Пресвятой Богородицы и образ Митрофана Воронежского после первого молебна перед ним стали мироточить. На иконе Успения Божией Матери миро выступало там, где были изображены Господь, Пресвятая Богородица и апостолы. Икона свт. Митрофана с частичкой мощей полностью покрывалась капельками святого миро. Это чудо Божие было явлено насельникам возрождающейся обители как подтверждение необходимости и богоугодности начатого дела» .
Большой скитский храм построен из нетесаных круглых бревен, из каких строились древние храмы северной Руси. Церковь была освящена 20 августа 2005 года, в этот день служилась первая в этом веке Божественная литургия.
С этого времени ежегодно в летний день памяти свт. Митрофана Воронежского в скитском храме гостеприимно открываются двери для всех приезжающих помолиться вместе с насельниками во время Божественной литургии.
В скиту подвизаются 5 человек братии, среди них 2 иеромонаха, иеродиакон, послушники.
